在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色 蓝藻水华
而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素，毒素除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。
而另一方面蓝藻有其利用价值，蓝藻是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。有不少蓝藻（如鱼腥藻）可以直接固定大气中的氮（原因：含有固氮酶，可直接进行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增产。
        大型蓝藻打捞船就是针对蓝藻泛滥而设计的水面设备，大型蓝藻收获船为解决漂浮的蓝藻稀薄，难以打捞的问题，利用小型固定式围栅和大型伸缩式围栅收集蓝藻，使浓厚的蓝藻层聚集于船体两侧固定的小型固定式围栅范围内，便于打捞，提高打捞效率。特制打捞斗采用刚性框架柔性内衬，打捞的藻水混合物在旋转抬升的过程中通过滤网可以滤掉一部分水，得到较高浓度的混合液，完成初步的藻水分离。

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